船只输送是资源采集与舰队调度的核心环节，主要通过工程船与运输船协作完成。工程船负责资源采集，而运输船则用于资源运输或舰队增援。玩家需在战略地图中标记资源点，派遣工程船建立计划圈进行开采，远距离运输需依赖前哨站缩短航程。初期建议优先升级工程船的仓储与动力系统，中期可逐步替换为高级工程船以提升效率。
运输船的操作需通过联络站实现，玩家需在同盟占领的联络站购买运输船，随后点击出站指令即可携带运输船。运输船的主要功能是装载资源，尤其在长距离运输或大规模资源调度时作用显著。需单个资源点仅允许一艘工程船开采，因此合理规划计划圈覆盖多个资源点能显著提升效率。若资源点距离基地过远，建议在前哨站附近建立临时仓储点，减少运输耗时。
船只输送的另一个重要场景是舰队增援。玩家可通过运输船将高人口舰船（如ST59战列巡洋舰或CV3000航母）增援至主力舰队，弥补正面战场的火力或防御缺口。增援时需注意舰队移动速度由最慢舰船决定，因此高速运输船能更快完成战术部署。运输船也可用于组建快速拆家队，搭载高攻城属性的舰船突袭敌方基地，但需合理分配策略值以避免过度消耗。
后期玩法中，船只输送的效率直接影响资源储备与战争节奏。建议玩家将工程船技术值优先分配给采集加速与仓储强化，运输船则侧重动力系统升级。对于需要频繁调动的舰队，可提前在关键星域部署前哨站或采矿平台，减少计划圈占用。若遭遇敌对势力干扰，可派遣护航艇保护运输航线，或利用曲率移动快速脱离战斗。
玩家应定期优化工程船与运输船的编组，并利用游戏内的曲率网络与前哨站降低运输成本，从而在资源竞争与星际战争中占据主动。
